秭归位于湖北省西部，长江西陵峡两岸，地处长江上游下段的三峡河谷地带，属鄂西南山区。地理坐标为东经110°18′-111°0′,北纬30°38′─31°11′。东与宜昌市夷陵区的三斗坪、太平溪、邓村交界，南同长阳的榔坪、贺家坪接壤，西邻巴东县的信陵、平阳坝、茶店子，北接兴山县的峡口、高桥。东南至太阳坪，与宜昌、长阳接壤；东北至五指山，与宜昌、兴山接壤；西南至香炉山，与巴东、长阳县接壤；西北至羊角尖，与巴东、兴山接壤。
县境东起茅坪镇的河口，西止磨坪乡的凉风台，东西最大距离66.1公里；南起杨林桥镇的向王山，北至水田坝乡的懒板凳垭，南北最大距离为60.6公里。总面积2427平方公里，其中：高山区728.1平方公里，占30%；半高山区1332.4平方公里，占54.9%；低山区366.5平方公里，占15.1%。
秭归为大巴山、巫山余脉和八面山坳合地带。长江流径巴东县破水峡入境，横贯县境中部，流长64公里，于茅坪河口出境，把秭归分为南北两部，构成独特的长江三峡山地地貌。境内地形起伏，层峦叠嶂，地势为四面高，中间低，呈盆地形。东部边境扇子山海拔1920米；南部边境云台荒海拔2057米，西部边境凉风台海拔1700米，北部边境懒板凳垭海拔1645米，而中部的香溪宽谷地带地势却较低，泄滩河口海拔63米，归州城西的吒溪河口海拔57米，香溪河口海拔56米。茅坪河口海拔40米。
秭归属亚热带季风气候，年平均气温大于等于10度的活动积温为5723.6度，年最冷月平均温度为6.5度，年无霜期为306天，降雨量为1000毫米左右，空气相对湿度72%，年日照时数1631.5小时，是湖北著名的冬暖区和甜橙栽培的最佳适宜区。三峡工程建成后，冬季平均增温0.3—1.3度，夏季平均降温0.9—1.2度，气候条件将更有利于脐橙生产。
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